1、儘量選擇乳酸菌飲料或是益生菌沖劑，這樣益生菌的純度和種類要豐富一些，吸收情況也更好。這樣要比一般的益生菌或是乳酸菌酸奶效果要好一些。
2、感冒發燒吃抗生素藥物的同時，不能與益生菌一起吃。抗生素抗的就是菌種，不論是益生菌還是有害病菌通通都一樣，如果一起吃會大大降低益生菌的存活率，從而降低其實用效果，可以説益生菌成分都被抗生素清除掉，等於是白吃了。3、吃益生菌也要適可而止，益生菌本身就是一種調理腸胃的輔助品，不建議長期服用。如果長期吃很容易引起寶寶自身腸胃的惰性，換句話説，就是寶寶會依賴益生菌，而自己的腸胃偷懶，不願意工作了。腸胃無法自己改善消化能力，而且還會頻繁改變腸胃菌種，影響腸胃發育和免疫力。
不論是什麼類型的益生菌最好都在飯後。
益生菌之所以能夠促進寶寶腸胃消化、達到通便潤腸的效果，主要是因為其中含有大量益生菌成分，而且還能產生大量的消化酶。而消化酶屬於蛋白質，並沒有很久的維持效果，也是會被胃酸侵蝕消化的。所以益生菌最好還是在飯後吃，寶寶吃過飯以後，胃酸濃度和分泌量會降低，一部分胃酸用於消耗消化食物，對益生菌的破壞就小很多，這樣益生菌的營養成分也就被保留的更好，從而提升使了用效果。
1.益生菌怕殺菌消毒製劑
益生菌不宜和具有殺菌消毒活性的製劑同時服用，不能與抗菌藥物合用。因為益生菌中的活菌容易被抗菌藥物殺死，完全起不了效果。如果病情需要同時服用抗菌藥物和益生菌，建議兩藥服用時間間隔2小時以上。
2.益生菌怕酒精。
酒精是一種常用的殺菌消毒劑，酊劑中的酒精含量較高，也不宜和益生菌同時服用。酊劑指的是把生藥浸在酒精裏或把化學藥物溶解在酒精裏而成的藥劑，如顛茄酊、橙皮酊、碘酊等。
3.益生菌怕熱。
作為活菌且又在人體內存活，益生菌的最佳生長温度和人類腸道正常温度相近，大約是37℃。因此益生菌製劑最好保存在陰涼乾燥處，有些藥物甚至需要冷藏。同時，送服或者衝兑益生菌製劑的水温，最好不要超過40℃，不然益生菌就被燙死了。
4.益生菌怕被抑制吸附。
如果患者有胃炎或者腹瀉的情況，醫生很有可能會開具膠體果膠鉍、鞣酸製劑、藥用炭或者蒙脱石散等藥物，但這些藥物會對細菌的生長有抑制作用，或者會吸附細菌，然後直接帶出體外，可影響益生菌製劑發揮療效。因此，以上藥物也不能和益生菌同時服用，應間隔服用。
