看生殖器是判斷扇貝公母最明顯的方法，這一般需要在扇貝繁殖季節過後才知道。公扇貝的生殖腺會呈現乳白色，母扇貝的生殖腺則是橘紅色或橘黃色。
公母扇貝的口感味道也不一樣。公扇貝吃起來味道會比較鮮甜，甜味會多一些，而母扇貝吃起來會比較鮮香一些，更肥美一些。
無論是公扇貝還是母扇貝，味道都很鮮美，口感其實差不多，只是有一些差異，不過大多數人都吃不來，所以食用不用分公母。若是能吃出來兩者之間的差異，只要根據自己的喜好選擇就行。
另外，扇貝一般為雌雄異體，也存在雌雄同體的現象，這種是不能分公母的。
