只要操作正確危害還是可以忽略的，但是嬰兒在採用灌腸治療的時候，它的治療過程並不是安全、無菌的，而是會隨身帶着各種各樣的細菌，這些細菌隨着藥物進入到人體的腸道深處之後，極容易帶來污染的問題，從而導致體內菌羣失調，因此嬰兒出現感染、腹瀉的機率也大大的增多。建議廣大家長要能夠重視這種方法帶來的危害。
寶寶發燒時，一般不提倡去進行灌腸手術。因爲灌腸可能會損害寶寶骨髓發育。灌腸需要給寶寶直腸滴入藥物，執行時用藥量較大，而且到現在爲止國家還沒有一個嚴格的標準來執行灌腸的用藥量。所以這導致一些醫院所使用的灌腸藥物沒有定量，這對寶寶身體傷害極大。
其次，由於寶寶直腸黏膜皺褶少，無絨毛，液體容量小，吸收面積較小，所以會導致藥物吸收緩慢，進入血液循環的藥量十分有限，不利於病情立即恢復，對病情作用較小。所以寶寶發燒不嚴重時，最好不要帶寶寶做灌腸。
灌腸也不是沒有好處的。因爲灌腸是一種較好的通便方法，可用於急性便祕。而且，有時採用這種方法能夠刺激直腸，以達到重新建立直腸排便反射的作用，可用於一些便祕病人的早期治療。所以說灌腸療法也是小兒便祕的基本治療方法，常用於小兒特發性便祕或先天性巨結腸通便。
