乙腦病毒在自然界傳播基本環節已經明確，但流行規律還未充分認識。有的認爲本病的流行有周期性，每隔若干年出現一次大的或較大的流行，但也未能觀察到類似的規律性。
(1)流行地區：本病流行地區廣泛，北自日本北海道、前蘇聯的遠東地區，南至印度尼西亞、爪哇，東迄馬里亞納羣島，西至印度、斯里蘭卡等地均有乙腦流行。我國爲溫帶及亞熱帶地區，除東北、西北的邊遠地區及高原地區外均有本病發生或不同程度流行，但發病農村高於城市，山區高於沿海地區。
(2)流行季節：在熱帶地區，蚊蟲一年四季繁殖，故全年有散發病例。亞熱帶和溫帶地區有嚴格季節性，絕大多數病例集中在7、8、9 月，約佔全年發病數的80%～90%，而在冬春季節幾無病例發生，其原因主要是蚊蟲繁殖，病毒在蚊體內發育以及蚊蟲吸血活動強度受氣溫、雨量等自然條件的影響。溫度在25℃以上，雨量適宜，始有流行。
(3)發病年齡結構變化：以往發病以10 歲以下兒童爲主，約佔患者總數80%以上，這是由於成人大多爲隱性感染已獲穩固免疫力之故。近年來發病的年齡結構有從兒童轉向成年到老年的趨勢，成年人或老年人的發病相對有所增加，且病死率也高。這可能與兒童普遍接受預防接種有關，但全國總的發病率有較大幅度的下降，改變了過去流行的發病模式。
(4)發病形式：因隱性感染多，臨牀發病者少，故呈高度散發性，同一家庭同時有兩個患者少見。顯性感染與隱性感染之比爲1∶300 至1∶1000。
(5)傳播環節複雜：自然界本病的傳染源普遍存在，傳播媒介衆多，動物間傳播流行較普遍，使本病持續在人間流行。
(6)流行規律及預測：乙腦病毒在自然界傳播基本環節已經明確，但流行規律還未充分認識。有的認爲本病的流行有周期性，每隔若干年出現一次大的或較大的流行，但也未能觀察到類似的規律性。我國有人對1945～1956 年自然界分離到的66 株乙腦病毒進行抗原性比較，沒有發現較大的變異。
因此，初步看來乙腦的流行不是由於抗原變異引起，目前看來，引起大流行的因素是多方面的，但歸納起來有三個因素是比較重要的：
①易感人羣的增加。
②氣象因素，降雨量，氣溫對傳播媒介的繁殖和活動有着直接的影響，而且對蚊體內病毒的感染力也有較大的影響，當溫度在18～20℃時蚊子的感染實驗21 次只有3 次成功，當溫度上升至26～30℃時20 次感染實驗就有17 次成功。
③豬自然感染時間的早晚和感染率的高低與乙腦流行有密切關係。
