在寶寶照射藍光後，最常見的副作用就是發熱。由於治療箱中的溫度比較高，而寶寶的身體溫度又很容易受環境的影響，所以就會使寶寶發熱。如果孩子有發熱症狀，就應該暫時停止照射，及時給給寶寶降溫，等到孩子的體溫降下來之後再進行治療。
進行了照射藍光以後，很多寶寶都有腹瀉的情況。孩子的大便稀薄，會呈現出綠色，每天會排4~5次大便。這時候父母要給孩子補充一些水分。寶寶腹瀉的情況一般在光療結束後，很快就能夠好轉。
由於嬰兒的皮膚很敏感，有部分嬰兒在光照後，皮膚上會出現紅色皮疹或者是淤點，一般都是出現在面部、軀幹以及四肢。這時候就應該縮短光照時間，應該等皮疹減輕後再繼續照射。在光療結束以後，皮疹便會慢慢消失，不會留下任何痕跡。
