巧克力囊腫不屬於會自愈的疾病，所以說不要試圖通過不治療來達到病好的目的。只要處於育齡期有月經的情況下，囊腫應該會逐漸發展。此時可以使用藥物控制患者月經，或者讓其處於一種絕經的狀態，達到保守治療的目的。
如果保守治療失敗，還應該選擇手術治療方法，手術治療有多種，有單純囊腫切除，還可以進行卵巢和輸卵管病竈部位切除。由於子宮內膜是巧克力囊腫發生源泉，所以一種更加激進的治療方法是同時切除子宮。手術方式的選擇應該根據患者的要求、症狀選擇適當的方法。
沒有生育要求的女性可以進行保守性手術，甚至切除子宮，切除子宮後複發率是大大下降的。對於有生育要求的患者，應該在保守性剔除卵巢巧克力囊腫之後，進行積極助孕治療，包括試管嬰兒、人工授精、促排卵，能夠在巧克力囊腫復發之前，達到生育願望。
第一個，保守治療，主要是對於巧克力囊腫的直徑小於五釐米，症狀不嚴重，並且沒有生育要求的一些人可以用一些口服的藥物，或者是應用一些鎮痛的藥物緩解症狀。
第二個，手術治療，卵巢巧克力囊腫常常會破壞輸卵管或者是卵巢，所以經常會合並不孕，如果達到了兩年以上正常的性生活而沒有懷孕，就要進行腹腔鏡下將巧克力囊腫剝除掉同時探查輸卵管的通暢度，也就是輸卵管通液。
第三個，可以對於痛經和月經量偏多的女性，可以上曼月樂環緩解痛經和月經多的症狀。
所以對卵巢巧克力囊腫，要根據患者具體的情況，在醫生的指導下選擇應用不同的治療方法。
巧克力囊腫複發率一直是被大家提及，而且被醫生所苦惱的。巧克力囊腫的複發率在20%以上，復發的概率是比較高的，如果巧克力囊腫的患者在做完手術以後沒有給予長期的干預和護理，很大的概率會導致復發。
引起巧克力囊腫疾病的原因是具有活性的子宮內膜細胞種植在了卵巢，做了手術以後也很難把具有活性的子宮內膜全部去除掉，只要卵巢還有功能，就一定會存在復發的可能。做完手術以後一定要做好護理工作，防止出現感染。術後不能太早恢復性生活，而且如果黏連嚴重，臨牀醫生在做完手術後會建議患者給予亮丙瑞林和達菲林等藥物治療3到6個月，月經第一天皮下注射每月一次，來抑制巧克力囊腫的復發。
