1、系統檢查除全身檢查以外，還應當做生殖系統檢查。除了一般視診、觸診外，還要做陰道窺鏡檢查及內診(雙合診或是三合診)，初步瞭解陰道、子宮、宮頸、輸卵管、卵巢及盆腔的大致情況，例如子宮的大小、位置是否正常，輸卵管、子宮、卵巢有無腫塊、壓痛，子宮有無擡舉痛，附件的活動度等。
2、推測有無排卵及預測排卵期：可以通過基礎體溫測定以及宮頸粘液檢查或激素測定來判斷。
3、子宮內膜檢查：必要的時候通過活檢瞭解子宮內膜的功能狀態，而且該項檢查又是瞭解有無排卵或是黃體功能狀態的可靠方法，與此同時還可以瞭解宮腔的大小，排除宮腔病變，如結核、子宮肌瘤等。
4、內分泌功能測定：例如在月經週期的不同時間做血清雌激素、孕激素水平的測定，以瞭解卵巢功能的情況;測定基礎代謝率，以瞭解甲狀腺功能;進行腎上腺功能檢查以及血清泌乳素測定等。
5、輸卵管通暢檢查：包括輸卵管通氣或者是通液檢查和子宮輸卵管造影，主要了解輸卵管通暢與否，以及子宮輸卵管發育是否正常，有無畸形等。對於輸卵管欠通暢者(如輕度粘連)兼有治療作用。
6、免疫學檢查：瞭解有無抗精子抗體存在，除了進行抗精子抗體測定外，還可以通過性交後試驗、體外精子穿透試驗等間接瞭解之。
7、顱腦部(蝶鞍部)X線檢查：瞭解垂體是否有腫瘤或者是其他病變。
8、染色體檢查：有一些不孕症與染色體疾病有關，所以有時還需進行有關的染色體檢查。
