第1針：卡介苗(BCG)
卡介苗是目前唯一一種含活菌的常規疫苗(鼠疫疫苗和炭疽疫苗也是活菌疫苗，但不是常規疫苗)，這一特性使其成爲引發人體感染能力最強的疫苗之一。
接種時間：新生兒出生24小時內接種1劑卡介苗。如新生兒因早產、低體重或疾病等原因不能在出生24小時內接種卡介苗，應在體重增加至2500g或疾病康復後及時補種。
未接種卡介苗的兒童，3月齡以下可直接補種，3月齡〜3歲需先行結核菌素試驗(PPD 試驗)，陰性者可補種，4歲以上不予補種;已接種卡介苗的兒童，即使卡痕未形成也不再予以補種。
接種部位和方法：新生兒左上臂三角肌外下緣皮內。
接種後反應：卡介苗接種後2〜3周，局部會出現紅腫的硬結，平均直徑在10mm左右，中央逐漸軟化形成白色膿皰，可自行吸收或穿破呈潰瘍，2〜3個月結痂，最後形成永久性疤痕(卡痕)。大約九成以上的受種者接種局部都會發生潰瘍，保持局部清潔乾燥即可，不要自行排膿或揭痂，如潰瘍直徑大於10mm且超過12 周不愈，請就醫。
不良反應：如接種後接種側的頸部、腋下、鎖骨上下等處的淋巴結腫大甚至化膿、破潰，則考慮卡介苗淋巴結炎的可能性大，一般給予規範的抗結核治療後可痊癒。
世界衛生組織估計卡介苗淋巴結炎的發生率小於1‰。全身播散性感染是卡介苗最嚴重的致死性不良反應，大多發生於免疫缺陷兒童，國際癆病聯合會報告其發生率爲0.22/100萬劑。
第2針：乙肝疫苗(HepB)
乙肝疫苗被認爲是目前最安全的疫苗之一。
接種時間：出生24小時內接種第1 劑乙肝疫苗，並在滿1個月時接種第2劑、滿6個月時接種第3劑。如新生兒體重低於2000g，應在出生後1個月開始按0、1、6個月程序接種。
如按標準免疫程序接種後無抗體產生，可再按標準程序接種3劑(可換不同工藝的疫苗或提高劑量，即第1次用的是低劑量5μg，則第2次可用高劑量10μg)，若仍無抗體產生，不需再次接種。如按標準免疫程序接種後發現抗體轉陰，健康人無須加強免疫，血液透析和免疫缺陷患者則需考慮加強。
接種部位和方法：一般爲右上臂三角肌肌內(因爲通常與卡介苗同時注射，故採取不同部位)。
接種後反應：接種後局部反應以一過性疼痛多見，偶有紅腫硬結等，全身反應以低熱爲主，過敏等情況發生率極低。
不良反應：最常見的偶合症(指受種者正處於某種疾病的潛伏期，接種後巧合發病，其發生與疫苗本身無關)是晚發性維生素K 缺乏症，常見於2周〜3月齡嬰兒。
TIPS ：是否同時注射乙肝免疫球蛋白
乙肝免疫球蛋白作爲一種血液製品，有潛在風險。
目前在乙肝疫苗的劑量和是否同時使用乙肝免疫球蛋白(HBIG)的問題上仍存在不同意見。一些證據表明單獨接種10μg 乙肝疫苗比單獨接種5μg 乙肝疫苗的母嬰阻斷成功率更高，約可提高5 個百分點，將阻斷率提高到95% 左右;但接種10μg 乙肝疫苗的同時接種乙肝免疫球蛋白是否能進一步提高阻斷率，尚存爭議。
一般情況下，乙肝表面抗原陰性的母親生下的新生兒，只需接種乙肝疫苗，選擇10μg 劑量可能效果更好;乙肝表面抗原陽性的母親生下的新生兒，應在接種乙肝疫苗的同時於不同部位注射乙肝免疫球蛋白(比如接種5μg 乙肝疫苗，應同時在不同部位注射乙肝免疫球蛋白100IU)。
第3針：維生素K1
維生素K 缺乏，會導致凝血因子合成不足，進而影響凝血過程。一旦嬰幼兒體內缺乏這種物質，容易出現自發性出血或受外傷後出血不止。由於胎盤對維生素K 的通透性很差，孕期母親體內的維生素K很少進入胎兒體內，因此新生兒體內沒有儲存足夠的維生素K，早產兒、低出生體重兒的體內維生素K水平更低。此外，由於新生兒腸道內細菌少，無法自己合成足夠的維生素K，且母乳中維生素K含量也很少，因此，新生兒常發生維生素K缺乏。
維生素K缺乏性出血症可發生於新生兒出生24小時內，也可發生於出生後1〜3個月甚至半年內，出血最常見的部位是消化道和臍部，極少數會發生顱內出血。顱內出血病死率高，倖存者也常遺留神經系統的後遺症。爲避免這種後果嚴重的疾病，大部分醫院通常會給新生兒肌注1 次維生素K1。
注射時間：目前認爲，出生24小時內肌注1次維生素K1，能極好地預防維生素K缺乏性出血症。
注射劑量：儘管我國各地各醫院使用維生素K1 的劑量和做法並不統一，但單次劑量都不會超過5mg，通常正常足月新生兒常規肌注1 劑，早產兒、母親產前使用抗驚厥抗凝或抗結核藥及妊娠分娩過程中有併發症等的新生兒常規肌注3 劑(連續3 天每天1 劑)。
不良反應：使用維生素K1 發生嚴重不良反應的病例多爲靜脈給藥，肌注維生素K1 不良反應較少。
TIPS ：其他國家的新生兒怎麼補充維生素K
國外較爲公認的做法是，新生兒在出生時和出生後3個月內補充維生素K1;常用方案是：新生兒出生時肌注維生素K11mg，此後，每隔10天口服2mg直至3個月(共10次)，或分別在1周和4周時口服5mg(共3次)。
