百日咳通過及時的治療是會完全康復，沒有後遺症的，但是如果寶寶抵抗力低，治療不及時，拖的比較久則可能會對肺部留下病竈，但一般表現在乾咳和盜汗上，如果寶寶出現了肺部結節，則應該去醫院檢查，肺部結節一般是肺部炎症或者肺部腫瘤造成的。
百日咳進入恢復期的症狀也是很明顯的，家長可以根據這些症狀來判斷寶寶是否快好了。
在百日咳快好的這段時間，雖然患者還在咳嗽，但咳嗽時，給喉嚨帶來的疼痛感已經減輕，這時適當吃一些加調料的食物不會有影響。
由於血液循環的緣故，百日咳快好的時候，患者會有面色紅潤的現象，精神狀態明顯會有所好轉。
在百日咳快好的時候，身體免疫力都在提高，身體的各項機能也在逐步恢復，患者的不適感都在慢慢減輕，離康復期越來越近。
小孩患了百日咳之後，除了去醫院進行檢查，醫生開西藥抗生素治療之外，還可以去中醫院進行中醫治療。中醫會根據小孩不同時期的症狀對症治療，更具有針對性。
1、初咳期
中醫認爲此爲人體受到外界風熱所致，應以清熱化痰爲治療原則。採用桑菊飲，酌情加用：桑葉、菊花、薄荷、連翹等煮水飲用。如患者高燒不止，加黃芩，生石膏;如痰多不盡，可加入天竺黃和川貝母兩味。
2、痙咳期
中醫理論認爲，這是痰液阻塞肺部所致，應當清除肺熱，化盡淤痰。一般使用麻杏石甘湯，必要時可以加用陳皮、半夏、枳殼。汗多者，加大生石膏、黃芩等;眼睛赤紅的患者，加用玄蔘、白茅根等。有膿痰的患者，可加用天竺黃來祛痰。
3、恢復期
此階段人體的肺和脾臟都十分虛弱，當以補氣滋陰，調理肺脾爲主。人蔘五味子湯，必要時，加入黃芪、生牡蠣以補氣;加入紫苑、川貝母等以鎮咳。
