百日咳通過及時的治療是會完全康復，沒有後遺症的，但是如果寶寶抵抗力低，治療不及時，拖的比較久則可能會對肺部留下病竈，但一般表現在乾咳和盜汗上，如果寶寶出現了肺部結節，則應該去醫院檢查，肺部結節一般是肺部炎症或者肺部腫瘤造成的。
百日咳有兩到三個星期的潛伏期，的了百日咳的寶寶就是感染源，感染力非常強。從潛伏期開始，到病發六個星期之間都是有傳染性的，所以這期間的患者都要做好隔離工作。
如果家裏有其他的寶寶時，這就需要將他們隔離。現在的人們都會通過百日咳的疫苗來預防百日咳。
百日咳的傳播途徑就是感染了百日咳的病原體通過飛沫(就是唾液)傳染給其他人，包括典型病人及輕型病人。
百日咳桿菌不易在外環境中生存，僅能在上呼吸道粘膜中生長繁殖，隨同飛沫進行傳播，所以，百日咳的傳播途徑主要通過咳嗽時飛沫傳播，在病人周圍約2m以內都有吸入病菌的可能。百日咳桿菌在體外很快死亡，所以，很少通過衣物、用具等間接傳播。
