扁桃體是人體在兒童時期比較活躍的免疫器官，有比較重要的防禦作用，但人體的免疫系統有很多的免疫器官，扁桃體只是其中的一小部分。衆多的淋巴組織都擔負着人體的免疫功能，從理論上來說，切除病變的扁桃體，其他的淋巴組織具有的免疫功能，也可以擔負起抵禦感染的作用。
國內外的研究顯示，兒童切除扁桃體後的一個月，免疫功能會有一定程度的下降，但三個月後，免疫功能就基本恢復正常。
因此，從長期來看，孩子切除扁桃體對免疫功能不會造成嚴重影響。
1.扁桃體反覆發炎，會使孩子呼吸受阻，易出現睡眠呼吸暫停，因此難以進入深睡眠狀態，導致生長激素分泌不足，影響生長髮育。
2.孩子因睡眠不足，白天昏昏沉沉，記憶力減退，學習成績下降;大腦長期缺氧，還直接影響智力發育，甚至出現學習障礙、多動等情況。
3.扁桃體長期肥大，還會壓迫咽鼓管咽口，引起積液型中耳炎，導致孩子聽力下降。使孩子與外界的交流出現障礙、語言發育遲緩。
4.扁桃體炎性肥大的孩子還可能出現愚形面容，即鼻樑塌陷、兩眼距離增寬、流口水等，長期如此即可形成上頜牙齒拱齙。
扁桃體是人體免疫系統的一個重要組成部分，其位置及特殊的組織結構，使它在孩子身上起了幫助整個免疫系統成長和刺激產生抗體的作用。兒童時期的扁桃體多呈生理性肥大，是正常現象。
決定是否手術切除應聽取專科醫生的建議，權衡利弊。如果孩子出現以下症狀，就應考慮手術切除：慢性扁桃體炎反覆急性發作或併發扁桃體周圍膿腫(一年超過3~4次);扁桃體過度肥大，引起兒童鼾症，並妨礙吞嚥、呼吸及發聲功能;慢性扁桃體炎已成爲誘發其他臟器病變的病竈，或與鄰近器官的病變有關聯。
