新生兒感染性發熱大多由病毒感染引起，包括由細菌、立克次體、原蟲、螺旋體、黴菌等所引起的急性感染，對上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、敗血症和各種急性傳染病等，都是引起發熱的常見原因。
產熱、散熱異常：如驚厥及癲癇持續狀態所致的產熱過多;由於廣泛性魚鱗病、廣泛性皮炎、無汗腺症導致散熱困難;或者由於家長包裹過多衣物導致散熱系統異常等。
大量失血或失水：若受到外傷寶寶大量失血時，可使有效血循環量減少而致散熱障礙，因而體溫升高，但如發生循環衰竭，則正常代謝停滯，而產熱過少，反而體溫不升。
生物製劑或藥物反應：多在治療某些疾病時出現，如使用血清、菌苗、異體蛋白或某些藥物(如磺胺類、巴比妥類等)後過敏。
中樞調節失調：新生兒神經發育不完全，會發生某些功能性低熱及體溫中樞調節失調，夏天室內溫度過高，新生兒汗腺發育相對不足，散熱差，易導致發熱。
無菌組織被破壞或壞死：如白血病、血管內栓塞、燒傷、骨折、血腫、腹腔或胸腔內血液的吸收等。
如脫水熱。脫水熱是由於喂水不夠導致寶寶嚴重缺水，發熱現象會持續數小時後逐漸退熱，也可以1天內數次發熱，但很少有連續發熱數十天以上者。另外，如果新生兒出現核黃疸、顱內出血等均可引起發熱。
