衣原體結膜炎和肺炎均首選紅黴素，分3次口服，共用14天。口服困難或重症可靜脈用藥。全身用藥可肅清鼻咽部衣原體，眼淚中的紅黴素也可達有效濃度。
阿奇黴素比紅黴素吸收好，共服3天。
衣原體結膜炎可局部用0.1%利福平或0.3%諾氟沙星或10%磺胺醋酰鈉眼藥水滴眼，每日4次，也可用0.5%紅黴素眼膏，共2周。局部用藥不可肅清鼻咽部衣原體。
就診科室：呼吸內科 兒科
治療費用：不同醫院收費標準不一致，市三甲醫院約（3000 —— 5000元）
治 愈 率：40%
治療週期：10-30天
治療方法：藥物治療
治療注意事項
1、新生兒眼炎早期經適當的治療，一般不會發生併發症，但可見到慢性持續性病例，反覆發作可有瘢痕形成，導致視力喪失。
2、衣原體對紅黴素類敏感，在無法排除支原體或軍團菌感染時可選用紅黴素。
3、密切監測患兒的體溫，嚴防發生高熱驚厥，若出現高熱，應及時降溫。在口腔方面，要做好其護理工作，嚴防口腔炎的發生。
4、在護理患兒時，應使其房間環境保持舒適，並保持環境通風透氣、安靜舒適。若患兒呼吸有困難，應及時給予人工給氧，使動脈氧分壓適當升高，使組織缺氧症狀得到改善。
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