如果飲食不注意衛生，所吃食物或使用餐具被細菌、病毒污染，引起腸道外感染，會引起腹瀉。再者，如小兒呼吸道感染、中耳炎、肺炎、敗血症、細菌性痢疾、阿米巴痢疾等疾病都會導致腹瀉。
餵養不當是新生兒拉肚子的重要原因。嬰幼兒消化系統功能發育不夠成熟，餵養不定時、餵養量過多或過少、過早添加某些食物、突然斷奶等，都可以對嬰兒的腸道造成刺激，引起消化道功能紊亂而發生腹瀉。
外界氣溫寒熱變化突然，腹部受涼後使腸道蠕動增強；氣溫太熱，導致消化液分泌減少，又因口渴而多喂乳汁等因素均可增加消化道負擔，進而更容易導致嬰兒腹瀉的發生。
母乳所含營養成分超過嬰兒需求以及消化能力，也會引起小兒腹瀉，這種腹瀉稱爲“生理性腹瀉”，雖然不影響嬰兒的生長髮育，也無須特別治療，但是媽媽要注意調理母乳。
中醫認爲腹瀉的病因主要有乳食不節，感受外邪和脾胃虛弱三方面原因所導致。由於小兒脾胃功能發育尚未完善，消化機能較弱，因此一旦內傷乳食或是感受外邪，均可引起脾胃功能失調，而造成腹瀉。
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