巴氏腺囊腫一般都不是特別嚴重，它生長比較緩慢，而且長期存在於身體中，如果不惡化的話是沒有必要治療的，如果平時夠注意衛生的話，囊腫是會自己慢慢消下去的。但是在囊腫在沒有完全消下去之前要注意定期檢查，以免惡化。
這種方法就是像蒸桑拿一樣，將事先由中醫師配置好的中藥放入水中煮沸，用蒸汽來薰患病的位置，只要聽醫師的話，薰夠一定的療程，可以完全消腫，只要過後注意衛生，就不會再復發了。
許多巴氏腺囊腫病人選用放射線醫治的輔佐辦法，通常於手術後很難治好。放射線醫治首要運用腫瘤細胞對放射線對比活絡，簡略遭到放射線的損害來殺死腫瘤細胞，通常醫治約需四至八個星期，會依據不一樣的腫瘤病理確診、分解程度及形象醫學檢查效果而選擇照射方案的大小及劑量。
如果囊腫比較嚴重的話，可以考慮巴氏腺囊腫造口術。此法簡單，損傷小，尚能保留腺體功能。但造口應夠大，造口之後最好放引流條，每天用雙氧水或者2%碘伏沖洗一次，共3～4次，防止術後粘連閉合，再次形成囊腫。一旦膿腫形成，應當切開引流。
