正常排卵依賴於各種激素的正常分泌，每種激素都在其中發揮着重要作用。15%的習慣性流產患者存在月經期激素分泌失調的症狀，即某一種或幾種激素分泌過多或過少，最常見的情況是黃體酮和雄性激素出現問題。以黃體酮爲例，如果這種激素分泌量不足將導致受精的卵子無法正確地在子宮內着牀。卵子發育異常有可能導致黃體酮分泌不足。
怎麼辦：
這種習慣性流產女性可通過子宮內膜活組織切片檢查較爲精確地診斷出激素分泌失調的病症，確診病因後再次懷孕時，可通過服用藥物，改善卵子發育的狀況，進而改善激素的分泌，從而保住胎兒。
女性子宮內部組織有問題也可能導致習慣性流產，常見的子宮問題有子宮肌瘤、宮頸無力等。
怎麼辦：
這類女性在流產後可做子宮檢查，當子宮解剖檢查結果異常時，醫師會做子宮鏡檢查，檢查子宮內膜是否長了息肉，或有雙子宮、單角子宮、子宮中隔等因素而導致容易流產。另外還可利用子宮輸卵管造影，確認是否已經長了一些肌瘤形成壓迫。此外也可檢測出有無縱隔等子宮腔(胎兒住的房子)形態異常。
女性母體出現免疫系統失調情況時，懷孕後體內那些幫助母體抵抗病毒的抗生素就可能傳導給胚胎，並且排斥其生長，從而引發其流產。有研究表明，不到5%的習慣性流產是由於免疫系統問題導致的。
怎麼辦：
很多專家都認爲，患有APLS的免疫系統綜合徵的女性會阻礙懷孕，這種情況可通過服用兒童劑量的阿司匹林或是注射血液稀釋劑加以治療。
染色體異常
如果夫妻雙方或一方或胚胎染色體異常，導致胚胎不能正常發育，常常會發生自然流產，因爲某些胚胎染色體異常其父母的染色體可正常。染色體異常者應根據異常的種類判斷能否再妊娠，若能再妊娠也應做產前診斷以確保優生優育。
怎麼辦：
這種原因所致的習慣性流產女性，如再次妊娠，必須進行產前檢查，通過羊水細胞染色體核型分析，瞭解胎兒是否先天畸形，一旦發現異常，應及時終止妊娠。
女性在孕期過多接觸某些有害的化學物質(如砷、鉛、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)和物理因素(如放射線、噪音及高溫等)，均可引起流產。
怎麼辦：
這類患者應從備孕期就應更換生活或工作環境，儘早遠離這些有害因素，確保胎兒健康發育。
