益生菌一般來說沒有什麼副作用，但是如果說益生菌有副作用，那就是不能長期的，過量的服用，因爲很容易產生依賴症。建議要在有經驗的醫生指導下使用。益生菌的最大特點是活菌。益生菌在保質期內應保持一定數量級，才能起到活菌應有的作用。
益生菌要想到達腸胃產生良性作用，益生菌在臨牀應用非常廣泛，遠不止是幫助治療各種原因所致的腹瀉及其引起的紊亂，還可以抑制有害菌生長、減少外來致病菌產生的感染、調節人體免疫力、抑制和延緩某些癌症的進程等等。益生菌佔據寶寶胃容量，影響吃奶，也影響媽媽的奶量；
益生菌對便祕有用，合理飲用是沒有副作用的。合理的使用益生菌能夠起到調節腸胃，幫助寶寶調理腸胃的功能，促進寶寶的食慾。寶寶不容易生病，可以幫助寶寶提高抵抗力。必要時也可以在專業醫生的指導下合理用藥。寶媽不要自行盲目的亂給寶寶服用，以免適得其反。
首先，提高寶寶自身抵抗力。益生菌通過有益菌佔位排擠有害菌，防止有害菌的過度繁殖，保證有益菌的優勢地位，建立寶寶腸胃壁壘，完善免疫系統，增強免疫力，讓寶寶健康成長少生病。
第二，調節寶寶腸胃。益生菌既可以增強高抵抗力，預防寶寶的常見腸道疾病，如便祕、腹瀉等，同時又可以減輕疾病症狀，讓寶寶儘快恢復健康。
第三促進機體營養吸收，增強體質。益生菌可以分解乳糖產生乳酸，促進微量元素鈣、鐵、磷、鋅、維生素D吸收，產生維生素B族，維生素K族等營養物質，而這些物質是寶寶成長中必須的重要營養。
寶寶提高抵抗力重在平時，適當的補充益生菌既可以預防疾病又可以促進吸收。當寶寶生病，腸胃不舒服發生腹瀉、便祕、腹脹等症狀的時候，腸道菌羣可能已經受到破壞，菌羣失去平衡就更需要補充益生菌。
