疫苗在減少疾病傳染與流行的同時，也存在風險與侷限性。
日本在疫苗接種問題上經歷了一個由強制到自願的過程。過去，日本嬰兒出生後2個月就要注射一系列疫苗，預防天花、腦膜炎、肺炎和流感等。但曾存在管理漏洞，並被逐利的醫藥公司所利用，讓一些有問題的疫苗通過審查投入使用，結果導致一些人因爲接種問題疫苗染上了乙型肝炎等。受害者們聯合起來，將當時的政府部門負責人和科研機構告上了法庭，從而迎來了日本疫苗管理新規定的出臺。
如今，日本疫苗接種以自願爲原則。對於疫苗的檢測則非常嚴格，必須由多家科研機構和臨牀試驗都證明安全有效後，再投入使用。日本厚生勞動省會召開確保疫苗安全對策會議，制定出如何降低疫苗副作用的方針，並在疫苗進入市場後，進行跟蹤調查再次確認其安全性。1996年，日本政府又修改了《藥劑法》，規定疫苗接種相關部門有義務遵守醫藥品實驗標準，並在藥物上市後繼續收集相關信息並上報。
日本還制定了一套應對疫苗等藥物突發事故的對策。1994年和1999年，日本《預防接種法》兩次就國家責任部分作出修改，採取結果責任原則，規定無論過失如何，只要厚生勞動大臣能認定損害發生是由預防接種導致的，都應給予受害者一定補償，包括醫藥費、住院津貼、殘疾兒童養育補助或殘疾人補助、一次性死亡補助、喪葬費等。從而，最大化地保障日本民衆的利益。
