新生兒小頭症的病因至今尚未明確，其中一種是常染色體畸變。常染色體畸變是指常染色體的數目或者結構異常所引起的疾病。常染色體病有着共同的臨牀表現，如智力低下，生長髮育遲緩，可伴有五官，四肢，內臟及皮膚等方面的異常。所以，由此推測，導致新生兒小頭症的病因之一可能是常染色體畸變。
新生兒小頭症的意外一個可能原因是孕媽媽在懷孕期間收到放射線照射，導致新生兒頭部畸形。射線是一種人眼看不見並感覺不到的射線，它可以穿透人體和一般物體，甚至金屬製品。目前廣泛應用的CT診斷技術(電子計算機X線體層射影)、胸透等，都屬於X線診斷範疇。X射線在穿透人體時，會對人體產生輕度危害，引起人體生物大分子及水分子的電離和激發反應，產生有害效應，無任何防護的照射就會對人體造成射線損傷。
新生兒小頭症的原因很大可能是寶寶還是胎兒時期收到宮內感染所致。孕媽媽在懷孕期間受到蚊蟲叮咬感染寨卡病毒，傳染給胎兒，導致新生兒一出生就有小頭症。
寨卡病毒通過蚊蟲叮咬在人和動物間傳播，屬於人-畜共患疾病。傳播寨卡病毒的伊蚊也傳播登革熱、基孔肯雅熱。寨卡病毒可在人類血液中存活，蚊子叮咬感染病毒的人，可將此病毒進一步傳播。
治療新生兒小頭症時應經過頭顱照片及CT等檢查，對於有顱內壓升高的寶寶，應儘早手術。對於單純骨縫閉合過早的患兒，可採用神經外科手術療法，能取得一定的療效。
新生兒小頭症患者，應該以手術治療爲主，目的在擴大顱腔，解除顱內高壓，使受壓的腦組織及顱神經得到發育和生長。
其手術治療有兩種方式：
一種切除過早閉合的骨縫，再選新的骨縫;
二是切除大塊骨質以達到減壓和有利於腦的發育。
小貼士：
手術越早越好，出後六個月以內手術者預後較好，一旦出視神經萎縮和智能障礙，即使施行手術，功能已不易恢復。
