傳統的治療法是精神藥物和營養治療，對於自閉症患者來說，自閉症是生理因素使然，藥物治療便成爲自閉症兒童處遇的優先考慮。
自閉症這個族羣比其他障礙兒童比較普遍使用藥物治療，精神病用藥及抗癲癇藥物。
Haloperidol (Haldol)曾經用來消除攻擊、過動及同一性的行爲，同時可以增加註意力，其副作用是患者會有臉部、下巴、下顎及上肢，會有不自主的抽動，但一旦停藥，則副作用自然消失。
抗憂鬱症藥物曾用來消除自閉兒的強迫症及固着行爲;鋰鹽是躁鬱症的治療藥物，也用來治療出現週期躁鬱症及攻擊行爲的自閉兒;心理刺激物(如利他寧或安非他命)有時用來減少過動。
1、預防性治撩：防止自閉症的出現，包括遺傳學上的輔導。
2、補救性治療：及早診斷，針對生理因素而加以治療。暫時這兩種方法都未有突破性進展。
3、徵狀性治療：藥物治療可以減輕徵狀，例如過份活躍、不集中、情緒不穩定、暴力傾向、睡眠困難等。
