一般來說巧克力囊腫不會自己消失，需要通過治療才能好。巧克力囊腫，又稱卵巢子宮內膜異位囊腫，是正常的子宮內膜異位到卵巢所引起，在卵巢內生長，週期性出血，形成了單個或多個囊腫，似巧克力樣，所以稱巧克力囊腫。
這種囊腫會出現反覆的小的破裂，破裂後囊內容物刺激局部的腹膜及卵巢呈炎性反應，導致卵巢破裂處與周圍組織黏連，致使卵巢固定在盆腔內，活動受限。卵巢巧克力囊腫的確診需要靠組織病理學確診，尤其是較大的囊腫，發生破裂的時候，可引起腹膜刺激徵，引起急腹症。
第一個，保守治療，主要是對於巧克力囊腫的直徑小於五釐米，症狀不嚴重，並且沒有生育要求的一些人可以用一些口服的藥物，或者是應用一些鎮痛的藥物緩解症狀。
第二個，手術治療，卵巢巧克力囊腫常常會破壞輸卵管或者是卵巢，所以經常會合並不孕，如果達到了兩年以上正常的性生活而沒有懷孕，就要進行腹腔鏡下將巧克力囊腫剝除掉同時探查輸卵管的通暢度，也就是輸卵管通液。
第三個，可以對於痛經和月經量偏多的女性，可以上曼月樂環緩解痛經和月經多的症狀。
所以對卵巢巧克力囊腫，要根據患者具體的情況，在醫生的指導下選擇應用不同的治療方法。
巧克力囊腫複發率一直是被大家提及，而且被醫生所苦惱的。巧克力囊腫的複發率在20%以上，復發的概率是比較高的，如果巧克力囊腫的患者在做完手術以後沒有給予長期的干預和護理，很大的概率會導致復發。
引起巧克力囊腫疾病的原因是具有活性的子宮內膜細胞種植在了卵巢，做了手術以後也很難把具有活性的子宮內膜全部去除掉，只要卵巢還有功能，就一定會存在復發的可能。做完手術以後一定要做好護理工作，防止出現感染。術後不能太早恢復性生活，而且如果黏連嚴重，臨牀醫生在做完手術後會建議患者給予亮丙瑞林和達菲林等藥物治療3到6個月，月經第一天皮下注射每月一次，來抑制巧克力囊腫的復發。
