乙肝病毒是最主要的易於傳播的肝炎病毒。肝炎病毒可通過乳汁傳給嬰兒。一般乙肝表面抗原陽性母親的新生兒在24小時之內會注射乙型肝炎免疫球蛋白，接受免疫的寶寶無論是人工餵養還是母乳餵養，HBV感染率無明顯差異。但若是乳母乳頭皸裂、缺損，則應該避免直接母乳餵養，避免大量的HBV病毒進入乳汁，對嬰兒產生影響。
HIV病毒能通過哺乳傳播，在無任何干預措施的情況下HIV傳染率達15%[1]。HIV病毒能夠通過寶寶的口腔破潰及未發育成熟的胃腸進入寶寶體內。目前尚未找到針對艾滋病的免疫手段，因此人工餵養是最好的方式。
患有精神疾病乳母需要服用治療精神疾病的藥物或是抗驚厥的藥物治療，如苯巴比妥和安定，這些藥物能夠通過乳汁進入寶寶的體內，引起寶寶嗜睡、衰弱無力、噁心嘔吐等不良反應，對其不利。
巴氏消毒法：又稱低溫消毒法。
既可殺死對健康有害的病原菌，又可使乳質儘量少發生變化。也就是根據對耐高溫性極強的結核菌熱致死曲線和乳質中最易受熱影響的奶油分離性熱破壞曲線的差異原理，在低溫下長時間或高溫下短時間進行加熱處理的一種方法。其中，在60攝氏度一下加熱30分鐘的方式，作爲低溫滅菌的標準，早爲世界廣泛採用。
將乳汁放在62.5攝氏度的恆溫箱內，30分鐘進行消毒，即巴氏消毒法。此方法既除掉了母乳中的細菌，又沒有破壞母乳中的成分，注意消毒時間不要超過30分鐘。
