孕期打肝素並不會影響到胎兒健康，能生出來的胎兒多是健康的。
有研究發現，肝素在進入人體之後，並不會經過胎盤吸收，因此不會影響到胎兒健康發育。至於生出來的胎兒是否健康，還受很多其他因素的影響，比如有毒物質、藥物、染色體、孕期疾病等，所以要因人而異，一般來說，孕期日常小心些，並有定期檢查，生下來的寶寶多都是健康的。
一般來說遵醫囑正常使用肝素是沒有副作用的，反而可保胎預防反覆流產。但若是劑量不對，就可能出現自發性出血問題，比如各種粘膜出血，關節腔的積血和傷口出血等，這是因肝素誘導血小板減少所致，如果出血較多會增加流產等風險，所以一定謹慎用藥。
一般的孕婦是不需要打肝素的，只有出現下列情況的孕婦需要打肝素來保胎：
1、有複發性流產，或免疫性疾病的孕婦，早期可使用肝素進行保胎治療。
2、在孕前或者孕早期，檢查發現有血凝障礙問題，D二聚體值升高，孕期由於各種抗體，聚集在子宮當中，使胚胎不能很好地吸收營養，導致胚胎髮育停止等情況時，也需要用到肝素預防型保胎治療。
