儘管目前在醫學上並沒有大樣本的流行病學調查證據表明緊急避孕藥會導致宮外孕，但從臨牀觀察到的情況看，有一部分病人的確是在服用緊急避孕藥後出現宮外孕的，所以不少婦產科醫生認爲：常用緊急避孕藥會增加發生異位妊娠(宮外孕)的風險。
濫用緊急避孕藥容易導致一些人內分泌功能紊亂，從而導致輸卵管異常而不孕，也會導致極少一部分人發生宮外孕。
婦科醫生給出的解決方法是：一定要按藥品說明書的要求服用緊急避孕藥。另外，服用緊急避孕藥3個月至半年之內，最好不要再次服用。如果服藥後月經有異常，應該前往醫院檢查。近期不打算生育的女性，可以服用長效避孕藥，其副作用比緊急避孕藥小得多。
