肛裂首先是因爲來自外力的衝擊或摩擦。
如果糞便過粗過硬，此時肛門適應性較差，會使肛管裂開，有人研究發現，不僅是便祕，腹瀉也會產生肛裂，可佔到肛裂誘因的4%～7%。
內括約肌張力高，可造成肛管靜息壓明顯增高，如此時肛門的舒展性不夠，當乾硬的糞便通過時，會產生裂口。
內括約肌受到糞便殘渣和腸液刺激，發生痙攣，導致劇烈疼痛。
肛門內括約肌張力升高的主要原因有：
(1)炎症刺激 腸道、肛管或肛竇發生炎症時，刺激內括約肌緊張。
(2)酸性糞便刺激 如同胃酸過多會刺激腸黏膜導致胃或十二指腸潰瘍、胃痙攣疼痛。糞便一般呈鹼性，當菌羣失調時糞便成酸性，刺激肛門內括約肌發生痙攣。
(3)括約肌外露
(4)情緒異常 如氣憤、緊張時。
當肛門裂口不癒合或反覆發作時才稱肛裂，而局部缺血是肛裂的最重要原因。
缺血的原因有二：
(1)血管分佈。
供應肛門局部的血來自於肛門動脈，而肛門動脈從兩側向中間分佈，在肛門前後交叉，結果在肛門前後形成兩個分佈薄弱區。
(2)內括約肌痙攣。
肛管張力過大，血液循環差。
肛門外括約肌在肛管前後形成兩個三角形裂隙，對肛管缺乏足夠的支撐，但糞便撞擊時可產生裂。
值得注意的是，肛裂的發生是在長期的、多種病因積累的基礎上造成的，這些因素包括肛管皮膚彈性的降低、血液供應障礙、前後壁易於損傷、內括約肌適應性降低、肛損傷等。
