有些牙合畸形嚴重影響外貌，造成患者精神上的自卑感和孤僻，甚至造成嚴重的心理、精神障礙；同時咀嚼功能障礙嚴重者會導致消化不良。
例如開脣露齒，雙頜前突等會影響顏面部的美觀，可呈現開脣露齒、雙頜前突、長面或短面等畸形。
排列不齊的牙齒，容易積存食物，刷牙時也不易刷乾淨，易發生齲病及牙齦、牙周炎症，嚴重者會導致牙周病。
錯頜畸形會影響口腔頜面部的功能。例如前牙開合、稀疏等會影響發音；後牙鎖合、反合會影響咀嚼功能；嚴重下頜前突會造成吞嚥異常等。嚴重下頜後縮則影響正常呼吸。
影響顱頜面的發育
在兒童生長髮育過程中，由於錯頜畸形將影響牙合頜面軟硬組織的正常發育。如前牙反牙合不及時治療則下牙弓限制了前頜骨的發育，而下頜沒有上下牙弓的協調關係而過度向前發育，這樣形成顏面中1/3的凹陷和下頜前突畸形，隨着錯牙合畸形的嚴重，顏面呈現新月狀面型。
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