胎兒發育到第3周時，頭端原始口腔的周圍形成五個突起，上方正中爲不成對的額鼻突，其下方兩側爲二個上頜突，在上頜突的下方兩側爲二個下頜突。胎兒發育至第5周時，下頜突在中央部融合而構成下脣及下頜骨。同時，額鼻突伸展至左右上頜突之間，其下端分成一箇中鼻突和兩側二個側鼻突。中鼻突在胎兒第6周時又繼續向下伸展，其下端又分成二個球狀突。球狀突與側鼻突間有一凹溝，即爲鼻窩；鼻窩將來發育成鼻孔。胎兒發育至第7周時，二個球狀突在中線相互融合，構成上脣的中1/3(脣人中)、鼻小柱及前頜。同時，上頜突已向中線伸展，在上方與側鼻突融合，構成鼻側部及頰部；在下方與球狀突融合，構成上脣兩側的1/3及鼻孔底。中鼻突和上頜突亦同時向口內伸展；中鼻突垂直向後而構成鼻中隔，上頜突在水平方向、向中線而構成兩側齶突。齶突在胎兒第7周時已與前頜融合；至第10周時，左右兩側齶突在中線相互、並與鼻中隔相融合。這時，口腔與左右鼻腔已完全分開。一般認爲，脣裂的發生是由於中鼻突下端的球狀突與上頜突未能按時(在胎兒第7周時)融合的結果，而先天齶裂乃是由於兩側齶突未能按時(在胎兒第10周時)相互、並與鼻中隔融合所致。至於引起未能融合的因素，至今尚不確知，可能與遺傳、營養、內分泌或感染、創傷等有關。
孕婦缺乏維生素A和B，可導致新生兒先天齶裂。
專家指出，吸菸、酗酒等壞習慣，以及食物中缺乏人體必須的葉酸(屬於維生素B族，用於治療營養性貧血症和口炎性腹瀉)和維生素A和B可導致新生兒先天性脣裂、先天齶裂等頭頸部畸形。
葉酸是維生素B的一種，它是細胞製造過程中不可缺少的營養素。服用適量葉酸對預防先天性脣先天齶裂可以有一定作用，但應在醫生指導下使用。
母親若有脣齶裂，其子女的發病率高達15%；若父親有脣齶裂，其子女的發病率爲5%。據研究證明，如果已生育一個嚴重脣齶裂的嬰孩，那麼出現第二個脣齶裂嬰兒的機率爲5%；若脣齶裂情況不嚴重，出現第二個脣齶裂嬰兒爲3%。近親結婚者的子女發病率更高。
孕期的不良影響造成
1、患病所致：
從一些臨牀病例統計證明，婦女妊娠其所患的某些疾病是造成先天性脣齶裂的主要原因。如感冒，尤其是孕期的頭3個月，因爲胚胎髮育的第4周開始形成顏面部，第5周齶部開始發育，第12周時各部份齶完全融合，此時母親患病則可能造成胎兒齶部發育缺陷。
2、用藥不當：
各種藥物的副作用是導致胎兒畸形的重要因素，已證實妊娠早期服用羊癲症藥物，孕期大量服用維生素A，都可引起先天性脣先天齶裂。
3、不良的嗜好：
懷孕期間抽菸、飲酒或服用含酒精的飲品、酗酒，也使一部份胎兒無辜受害。
4、環境污染：
懷孕初期密切接觸化學藥物如施農藥，或有毒物質，過多接觸放射線或長時間從事計算機操作，容易造成胎兒先天性脣先天齶裂。因此，一些專家建議懷孕期間應避免長時間在電腦前工作。
孕期營養不良、精神緊張、不愉快等。
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