孩子包皮問題最常見的是包莖，包莖指的是包皮將龜頭裹在裏面，不能翻起來，龜頭能外露，幾乎所有的孩子出生時都是包莖。隨着年齡的增長，陰莖自然勃起牽拉，包皮和龜頭之間的粘連會逐漸鬆開，漸漸的包皮可以翻起來了，龜頭也可以露出來了。
但什麼時候能翻起來因人而已，國外的教材說90%的孩子到了3歲時包皮可以完全翻起來，但國內的孩子似乎沒這麼早。浙江有醫生統計了兩千多個上幼兒園的孩子，發現3-4歲的孩子還有55.5%爲包莖，5-6歲時候還有44.1%。
包皮的腺體會分泌一些皮脂，這些皮脂和脫落的細胞碎片混合，形成包皮垢，包莖的孩子因爲無法翻起包皮清洗，包皮垢可以累積結塊，看起來像個小包包，很多家長以爲孩子長了腫瘤跑到醫院來就診。
從理論上講，包皮翻不起來可能容易導致包皮垢堆積和尿液粘留，增加包皮龜頭炎的風險；很多孩子因爲包莖做了手術。事實也是，2歲以內的孩子，切了包皮和沒切包皮的孩子比起來，泌尿系感染的風險要降低3-10倍，切了包皮後孩子長大了發生包皮龜頭炎的風險也明顯降低。
但並不是所有的包莖都會引發問題，大部分孩子長期包莖也不出現任何症狀，而且包莖絕大部分會隨着年齡增長自己解決，如果到了10歲還有包莖，或者是包皮末端疤痕狹窄引起的包莖可以去手術。如果沒有引發症狀，單純包莖和包皮垢都不足以成爲切包皮的理由，是否做很大程度取決於家長的意願，家長要求切，醫生一般也會滿足。
總體而言，在新生兒期做包皮切除術，可以明顯降低一歲以內泌尿系感染風險，長大後通過異性獲得HIV和其他性傳播疾病的風險也可以降低，就目前的研究證據來說，新生兒期切包皮的醫生收益是大於風險，在充分了解收益和風險的情況下，如果家長想給孩子切，美國兒科學會的意見是應該支持，但目前的證據還不足推薦所有的新生兒常規去切包皮。需要指出的是，歐美國家孩子切包皮很多是出於宗教文化的原因，國內沒有這種文化，國內也很少在新生兒期就去切包皮。
包莖包皮垢會增加泌尿系和包皮龜頭感染的風險，包莖的孩子如果經常泌尿系感染，或者包皮紅腫，醫生一般會建議去切，畢竟是個小手術。包皮手術沒有嚴格的年齡限制，國內醫生多建議在五六歲以後再做，如果是有經驗的醫生去做，手術很安全，可能會有出血、感染、粘連、外觀難看等問題，但也很少見，也不會影響以後的性功能。
如果不切包皮，醫生可能會建議包莖的孩子去做擴張翻洗，有的是爲了擴開包皮讓它能翻起來，有的是爲了去除包皮垢，但包莖如果沒有引起孩子的不適，其實不需要處理，因爲這是生理現象。美國兒科學會和加拿大兒科醫生協會的意見是不要強制孩子去翻洗，因爲會引起疼痛、撕裂、出血，甚至引起疤痕粘連、疤痕包莖，反而需要手術了。在包皮能翻起來之前，平時可以用肥皂和水常規清洗，順其自然到了一定年齡，包皮能上翻起後，教孩子洗澡時把包皮翻起來清洗一下，洗完後要把包皮翻回去，以免水腫導致包皮卡住龜頭。
對於包皮垢，很多家長看到白白的一塊東西在包皮裏都很害怕，但如果沒有引起感染什麼的，包皮垢也是正常的，不需要特意處理，除非是自己出來，也不要特意去把包皮垢擠出來。至於有些醫生說包皮垢引起陰莖癌什麼的，只不過是一個從沒證實過的傳說。
包皮龜頭炎也不少見，有的孩子突然一天發現小雞雞又紅又腫，孩子又癢又痛，這種情況有的是因爲細菌感染，有的是因爲過敏或其它原因引起的皮炎，需要找醫生檢查確定，如果是細菌感染引起，醫生可能會開抗生素或者外用的消毒洗劑，同時要讓孩子多喝水，平時注意衛生，最好穿柔軟的棉質內褲，如果包莖的同時經常包皮炎可以考慮做包皮手術。如果是過敏或其它皮炎，醫生可能會讓吃點抗過敏藥，注意不要讓孩子去抓撓進一步刺激加重皮炎。
