預防百日咳疾病的百白破疫苗接種之後是有一定的不良反應的，都是正常的，幾個小時或者一天之內就會恢復。首先是局部反應，百白破疫苗接種後12—24小時，局部可有紅腫、疼痛、發癢，個別人注射後注射側腋下淋巴結腫大、注射局部可形成硬結或無菌性膿腫，偶見皮疹及血管神經性水腫。
體質好的一般出現的是局部反應，體質差的寶寶在打了百白破疫苗後可能會出現全身的反應，百白破疫苗接種後，還可能會出現發熱的症狀，但接種後48小時可恢復正常。在發熱的同時還可伴有倦怠、嗜睡、煩躁不安等短暫症狀。
除了局部反應和全身反應外，還有的小孩接種百白破疫苗之後，可能會出現過敏反應，或驚厥、抽搐、尖聲哭叫等神經系統併發症。 但是，這類異常反應的發生率極低，並不影響免疫接種方針的推行。 通常防疫中心有考慮到這種情況，會備有腎上腺素等藥物，以備偶有發生嚴重過敏反應時急救用。因此接受注射者在注射後應在現場觀察至少30分鐘。
