生蛋清中有一種名爲親合素的蛋白質，它在腸道里會與生物素結合成複合物，這種複合物穩定且沒有活性，影響身體對生物素的吸收。長期食用生雞蛋會造成生物素缺乏症，會出現全身乏力、皮屑性皮炎等症狀。
生雞蛋是一種半流質、黏膠食物，因此停留在腸胃中的時間比較短，通常是還沒有消化吸收就會被排出體外。另外，生雞蛋中的蛋白質緒構比熟雞蛋中的蛋白質結構緊密，不易被腸胃中的蛋白水解酶所分解，因此其營養價值很難被利用。停留在腸胃中的大量未消化的蛋白質受到大腸桿菌的作用會產生較多的有毒物質，這些有毒物質一部分可由肝臟進行解毒。但由於寶寶的肝臟解毒功能比較弱，過多的有毒物質會加重肝臟的負擔。
生雞蛋具有腥味，會抑制中樞神經系統，減少消化液的分泌。此外，生雞蛋中含有大量的病菌和寄生蟲卵，直接食用生雞蛋可能引起寶寶腹瀉或寄生蟲等多種疾病。
