巧克力囊腫治癒後仍然有很高的複發率，但是也不是都會復發，還是有不復發的人。主要是手術的時候將異位的子宮內膜已經全部切除，所以就不會復發。建議巧克力囊腫手術之後，最好用達菲林治療3-6個月的時間，主要是預防復發。
在術後一定要定期做B超檢查，瞭解卵巢局部是否有囊腫的出現，並且根據是否有痛經的情況，然後再瞭解是否其他位置又出現子宮內膜異位症的情況，建議每半年做一次B超檢查，出現異常情況隨時做檢查。
巧克力囊腫複發率一直是被大家提及，而且被醫生所苦惱的。巧克力囊腫的複發率在20%以上，復發的概率是比較高的，如果巧克力囊腫的患者在做完手術以後沒有給予長期的干預和護理，很大的概率會導致復發。
引起巧克力囊腫疾病的原因是具有活性的子宮內膜細胞種植在了卵巢，做了手術以後也很難把具有活性的子宮內膜全部去除掉，只要卵巢還有功能，就一定會存在復發的可能。做完手術以後一定要做好護理工作，防止出現感染。術後不能太早恢復性生活，而且如果黏連嚴重，臨牀醫生在做完手術後會建議患者給予亮丙瑞林和達菲林等藥物治療3到6個月，月經第一天皮下注射每月一次，來抑制巧克力囊腫的復發。
一般來說巧克力囊腫通過吃藥可能無法達到消除的目的。巧克力囊腫，如果是比較小，是可以吃藥消除的，但吃藥也有一定的適應症，不能長期口服，如果長期口服，有可能對肝腎功能，或者是體內激素水平都受到一定的影響，所以巧克力囊腫吃藥控制後，如果停藥有可能再次出現。
巧克力囊腫的治療，需要根據患者的年齡，生育要求，而綜合考慮，如果是近絕經期的女性，可以給予藥物治療，如果比較大的囊腫還是建議手術切除，如果是未婚女性，比較小的巧克力囊腫是可以吃藥控制的，但是有備孕計劃的女性，如果不影響正常備孕時，可以選擇以備孕爲主，如果備孕一年沒有懷孕的情況下才考慮手術治療。
