在藥流過程中即使不會造成大出血，殘餘的胎膜組織也會影響以後受精卵着牀，導致不孕症的發生。
如果藥物不能使其排出，有可能會引起炎症的感染，發生子宮內膜炎，嚴重的累及其他器官還可能出現輸卵管炎、盆腔炎等，甚至影響以後的生育。
藥流通常會影響身體本身的激素水平，可引起月經不調。
藥流最大的副作用就是容易導致流產不全，需要清宮手術，易誘發術後感染，導致繼發性不孕。
由於藥流的出血時間較長，宮頸口長時間呈鬆弛狀態，給了細菌可乘之機，容易發生感染。藥流不乾淨會出現出血淋漓不盡，如果感染可能會導致白帶的異常，腹痛等情況。
溫馨提示：
藥流沒流乾淨的話，是需要做清宮手術的，不然對身體的傷害更大。
什麼時候做清宮沒有明確規定，一般是確定藥流沒流乾淨之後，就應該及時做清宮手術。
而藥流後的出血時間一般是3-7天，最長不超過15天，如果出現只出一點點血，時而有血時而沒血的情況，建議及時到醫院檢查，一旦確定藥流沒幹淨，就要做清宮手術。
據媒體報道，在選擇藥流的女性中約有20%-30%會發生藥流不全。
藥流並不是每個人都適合，所以在這裏筆者要提醒各位意外懷孕的女性們，不要輕易選擇藥流。
藥流適合的人羣：
1、停經在49日以內，確定爲宮內妊娠的，年齡在40歲以下而自願要求結束妊娠的健康婦女。
2、沒有慢性疾病或過敏性哮喘病史。
3、經過B超檢查和尿妊娠試驗確診爲陽性者。
4、在近3個月內沒有接受過糖皮質激素治療的女性。
說明：
內分泌疾病(如腎上腺疾病、糖尿病、甲狀腺疾病等)、肝或腎功能異常、各種器官的良性或惡性腫瘤、血液病或血栓性疾病、高血壓等女性不適宜服用米非司酮藥物;
心臟病、青光眼、哮喘、胃腸功能紊亂和過敏體質者不宜服用前列腺素藥物;
帶宮內節育器妊娠者和可疑宮外孕者不能使用藥物流產。
