一般來說，羊水穿刺對胎兒是沒有影響的。
現如今的羊水穿刺手術是在超聲的嚴密監視下進行，胎兒的每一個位置都可以看得清清楚楚，所以不必擔心穿刺針會傷及胎兒。
注意：羊水穿刺成功率很高，但還是有一定的風險，它可能會發生羊膜腔內感染、出血、流產、胎兒宮內窘迫等併發症，但機率很低，大約在0.3%左右，所以，孕婦不用擔心安全性。
1、血液傳染：若準媽媽是RH陰性血，檢查可能會使準媽媽致敏，從而導致胎兒發生溶血，手術之後準媽媽們應注射抗D免疫球蛋白進行預防。
2、感染：如果準媽媽存在感染，那麼羊水穿刺過程中可能把細菌帶入羊膜囊內，感染能夠引起高熱、子宮收縮和或腹部疼痛等問題，但是這種情況非常罕見。
3、破水：發生率1%，會在幾天內自行癒合。
4、羊膜腔炎：發生率0.1%，會引起下腹痛、發燒等症狀，極容易早產。
5、陰道出血：發生率1%-2%，幾天內會自行好轉。
6、胎兒刺傷：在超音波的引導下絕少發生，偶爾胎兒會突然動一下，醫生多能立即避開，如果不慎刺傷也不會有太大影響，會自行癒合。
7、呼吸窘迫：有少數研究發現，接受過羊水穿刺的胎兒，在出生後較易有呼吸窘迫的問題，發生率爲1.1%，未接受過羊水穿刺的胎兒則爲0.5%。
很多準媽媽都害怕做羊水穿刺，那麼，如果不做羊穿會怎樣呢?
如果孕婦被診斷爲唐氏高危、之前生育過先天性異常嬰兒、或者有染色體異常等家族病史、35歲以上高齡孕婦，不做羊水穿刺，很有可能會生出一個呆傻兒或者愚型兒。當然也不是說百分之百會這樣，但是有這個可能性。所以，爲了對自己負責、對寶寶一輩子負責，這類的孕婦最好還是做羊水穿刺，雖然有風險，但對現如今的技術來說，風險是很小的，大概是1/200，遠小於生出一個弱智兒的風險。
羊水穿刺並不是每個孕婦都要做的，只有下列情況的孕婦才需要做：
1、一般超過35歲的孕產婦都要進行羊水穿刺診斷，因爲高齡產婦懷孕風險比較大，懷孕期間是最容易出問題的。
2、唐氏篩查高危的準媽媽。
3、孕婦以前生產過先天性異常嬰兒，特別是染色體異常。
4、夫妻其中有一個染色體不正常或者平衡異位。
5、女性是性連鎖遺傳疾病的攜帶者，在懷孕的中期階段有必要清楚胎寶寶是男是女。
6、孕婦有過特殊生育史或血清異常。女性曾經生產過神經管異常的寶寶，或者是在懷孕階段有過血清中的甲胎蛋白異常情況。
7、有三次以上的自然流產史者。
8、懷孕期間接觸過有毒物質、放射線的孕婦，爲了下一代的健康，最好也做一下羊水穿刺。
