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畸形精子症患者體內的畸形精子數量很多，若是這樣的精子與卵子結合成受精卵，併成功着牀發育，那麼，這樣胚胎質量自然不好，就很容易在孕期出現胚胎髮育不良，流產或者畸形等情況。
提醒：並不是所有畸形精子症懷孕後，胚胎質量都不好，要因人而異。另外，孕期還有很多因素都會影響胚胎質量。
不一定，精子畸形跟胎兒畸形是沒關係的。
受精是一個優勝劣汰的過程，在這個過程中質量較差的精子都會被淘汰，只留下最優秀的精子才能與卵子結合。所以說，畸形精子受孕很困難，這樣也就不會發育成胚胎並生下來了。所以說，精子畸形症跟胎兒畸形沒關係，導致胎兒畸形的因素有很多，主要考慮是遺傳性和孕期的環境因素影響。
導致男性不育
男性精液中的精子畸形率過高，精子質量太低，這樣的精子無法在具備受精能力的時間段內(常爲36小時)游到卵子所在的位置(常爲壺腹部)，就會影響其受精能力。一般來說，畸形率超過30%，生育力開始降低，超過70%，極有可能導致男性不育。
降低女性懷孕率
畸形精子的運動能力很差，有的甚至完全無法向前遊動，這樣能正常向前遊動並且順利進入輸卵管到達卵子周圍的精子數量很少，那麼結合成受精卵的機率也會很低，進而影響到了女性懷孕機率。
增加胎兒流產率
畸形精子過多，不僅受精的機率很小，而且即使成功受精，胚胎的質量也很可能不夠好，懷孕後胎兒流產的機率非常高。
不利於優生優育
精子與卵子結合的那一瞬間，就已經決定了很多東西，包括孩子的外貌、智力和人格等等，若是精子是畸形的，這樣就可能導致胎兒出生後帶有某些問題，不利於優生優育。
