通過長期且多次的臨牀實踐發現，患有精子畸形症的男性，有的可以放其愛人受孕，但是之後出現流產或是畸形胎兒的機率卻也大大增加，而有的甚至於直接無法成功受孕。可見精子畸形對於患者生育的影響是很大的。
其實臨牀上畸形的精子也就是發育不好的精子，臨牀上可表現爲頭部、尾部、體部等幾個部位的不同畸形表現，由於精子與卵子結合本身就是一個優勝劣汰的過程，當男性畸形的精子過多，就拉低了精子的整體實力，那麼懷孕自然也受到影響。
根據以往經驗，對於畸形精子的治療通常可採用如下方法：
（1）消除不利因素。
我們都知道外界的很多因素都可以對男性精子的健康造成不利影響，所以如果是因爲外界環境造成的畸形病變，只要改善環境、消除不利因素通常精子質量也會隨之得到改善，比如藥物、放射線、高溫、酒精、化學物品等等。
（2）生殖感染治療。
有的精子畸形患者可能是由於生殖道感染引起，這種情況下據需要積極進行抗炎治療，以消除感染源。而由內分泌異常所致者，則應及時給予內分泌功能調整，必要的時候需要考慮手術治療。
（3）抗生素的治療。
作精液培養髮現精液中有支原體時，精子活力降低，精子密度減少，畸形精子增多。所以可以根據這個結果採用相應的抗生素進行治療。
（4）進行人工授精。
用裴爾科密度梯度離心法，可分離出活動力Ⅲ、Ⅳ級，形態正常的精子可大大增加，之後選擇正常的精子進行人工受精。
（5）3D微環境睾丸強精療法。
3D微環境睾丸強精療法在研究傳統治療的基礎上進行了微循環的深度挖掘，依據患者病情發展程度，採用不同的治療方式，重建男性睾丸內環境，讓男性自體生精，穩固提升精子精液質量。
