一些操作人員的進行人工授精的操作方式欠佳或是操作的手法較爲粗暴會給女性造成一些如宮頸管損傷、子宮內膜出血類的傷害，另外，使用的器械不當或者是過於簡陋也可能造成這類的損傷及出血。
進行人工授精可能會帶來一些如附件炎、盆腔炎類的疾病，這主要是由於受精所採用的精液不能保持絕對的無菌以及一些手術操作不當帶入細菌，從而使女性受到細菌感染而引發炎症。
人工授精可能會造成兩名或以上的婦女接受同一份精液的受精，這就導致在將來可能出現某些在血緣關係上屬於同父異母的男女兄妹相結合，造成遺傳性的危害。
如果人工授精時注入精液的速度過快以及數量過多，會造成下腹疼痛。如過快及過量注入宮頸內精液會導致宮頸壓力過大而造成宮痙攣性收縮，出現下腹腹痙攣性疼痛。再如過量的把精液注入子宮腔可能使精液從輸卵管流入腹腔而造成下腹刺激性的疼痛。
