巧克力囊腫的最佳治療時間就是當下，發現的第一時間就要治。建議月經乾淨後3-7天內做腹腔鏡手術治療，這樣就可以控制疾病，避免影響身體健康。
如果是有生育要求的巧囊患者，建議患者術後儘快懷孕，因爲手術能夠預防巧囊在術後出現復發的問題。 如果沒有生育需求，可以考慮術後給予GnRHa治療，如亮丙瑞林、達菲林等藥物，預防復發。
不同的病情，使用的藥物也是有差別的，對於巧克力囊腫的治療一般是以下幾種藥物：
第一、正在疼痛、痛經的時候，這個時候主要是對症處理痛經就可以，常用的藥物有芬必得、布洛芬，或者是一些中成藥，比如散結鎮痛膠囊、通迪膠囊，或者丹莪婦康煎膏等等，這樣可以緩解痛經的症狀。
第二、激素類的，常用的有口服的短效避孕藥，比如媽富隆、優思明、優思悅。
第三、孕激素類，比方地諾孕素，或者孕激素拮抗劑，比如米非司酮，這個可以通過抑制排卵來緩解痛經的症狀。當然還有一類藥物，比方說丹那唑這些合成的藥物，也可能起到緩解巧克力囊腫痛經的作用。
這些主要是對於輕度的、有生育要求的人，一旦巧克力囊腫發展到比較嚴重，引起盆腔粘連，很嚴重的時候可能就需要進行手術治療。
巧克力囊腫複發率一直是被大家提及，而且被醫生所苦惱的。巧克力囊腫的複發率在20%以上，復發的概率是比較高的，如果巧克力囊腫的患者在做完手術以後沒有給予長期的干預和護理，很大的概率會導致復發。
引起巧克力囊腫疾病的原因是具有活性的子宮內膜細胞種植在了卵巢，做了手術以後也很難把具有活性的子宮內膜全部去除掉，只要卵巢還有功能，就一定會存在復發的可能。做完手術以後一定要做好護理工作，防止出現感染。術後不能太早恢復性生活，而且如果黏連嚴重，臨牀醫生在做完手術後會建議患者給予亮丙瑞林和達菲林等藥物治療3到6個月，月經第一天皮下注射每月一次，來抑制巧克力囊腫的復發。
