精子性免疫可能發生在男性也可能發生在女性身上。如果是男性身上就是自身免疫，男性的精子有大量特異性表達的精子抗原，從而引起了自身免疫。自身免疫會影響精子的運動和受精功能。
這一種情況是女性體內產生了抗精子抗體，也叫作同種免疫。宮頸上皮細胞能產生分泌型IgA、IgG和極少量的IgM，當女性生殖道黏膜炎症破損或精漿中的免疫抑制物受到破壞時，精子和精漿中的抗原物質會引起女方的同種免疫反應，宮頸上皮細胞產生致敏的分泌型IgA、IgC與精子結合後被覆在精子表面，使精子制動，難以進入宮腔;而IgG可起補體固定作用，發揮直接細胞毒作用，使精子發生凝集。
這種類型屬於女性體液免疫異常。抗透明帶抗體遮蓋了位於透明帶上的精子，使精子識別不了卵子，也就無法與卵子結合;或者，抗體能夠抵消精子頂體酶對透明帶的溶解作用，使精子穿透不了透明帶。另外若是已經受精，透明帶結構太穩定，可能會導致胚胎被封固在透明帶內，而無法着牀，造成不孕。
性交過頻也是誘發女方的免疫性不孕的其中一個重要原因。在精子和精液中含有多種蛋白質，對於某些能產生特異性免疫反應的婦女來說，如果頻繁反覆地接觸丈夫的精子和精液，這些異性蛋白質作爲一種抗原物質被女性生殖道吸收後，很容易激發體內產生抗精子抗體。
子宮內膜局部存在大量的免疫細胞，它們在胚胎種植中發揮幫助絨毛實現免疫逃逸和絨毛周圍組織的溶細胞作用，有利於胚胎種植。因此，子宮內膜局部的免疫細胞的功能異常都可能導致種植失敗和不孕。
