孕期尤其是孕早期時，準媽媽服用藥物是很容易導致胎兒畸形的，據瞭解，臨牀約有2%到3%的先天性畸形是由藥物引起。
常見的致畸藥物有：某些抗生素(如四環黴素)、抗凝血劑、抗癌藥物、鎮定劑等。另外激素類藥物也會影響胎兒發育。
孕早期的媽媽感染了某些病毒，比如風疹、麻疹、梅毒等，也容易導致胎兒先天性畸形，因此有這樣問題的孕媽媽一般會建議流產。
現如今電子產品在生活中是隨處可見，雖然便利了生活，但同時也會產生輻射，尤其是X射線，不管是孕前還是孕期都極易導致胎兒發育畸形。
現如今營養不良的孕婦少了，但卻容易出現因飲食攝入不均衡導致營養不均的情況，孕期偏愛某一種食物，比如過量食肉、魚、巧克力、甜食等，可使體液酸化，血中兒茶酚胺水平增高，這樣就會間接影響到激素分泌失調，從而增加胎兒發生脣裂、齶裂和其它器官畸形的機率。
據調查，約20% 的胎兒畸形是因爲父母的遺傳性疾病。當父母染色體異常、或攜帶突變基因等，胎兒發生畸形的機率也會較高。
