做羊水穿刺檢查的最佳時間是16-20周。
原因：
1、不易刺傷胎兒
在此時間段內，胎兒尚未完全發育，體型較小，羊水量相對充足，可以使胎兒漂浮在其中，並且有周圍的羊水帶保護胎兒，在穿刺時不會輕易地碰到或者弄傷胎兒。
2、不會導致流產
此時母體內的羊水較多，羊水穿刺只需要取出很少的羊水，母體並不會因爲抽取出這少量的羊水而出現流產等現象。
3、細胞培養成活率高
此階段母體腹中的羊水中的活力細胞比例最大(可佔30%)，細胞培養成活率高，對後期羊水細胞的培養和分析都有幫助。
懷孕早期不建議做羊水穿刺檢查，以免誘發子宮收縮而流產。
理由：
孕婦懷孕不到16周時，子宮內的羊水還不是很多，此時進行羊水穿刺檢查，在抽取羊水後很可能導致子宮內羊水缺少，從而造成流產。且此時做羊水穿刺檢查也容易刺傷胎兒。
孕晚期是可以做羊水穿刺的，它可以測定胎兒血型、膽紅素、卵磷脂、鞘磷脂、胎盤泌乳素等，瞭解有無母兒血型不合及胎兒肺成熟度、皮膚成熟度、胎盤功能等情況。
但我們常說的羊水穿刺是爲了檢查胎兒是否有染色體異常的情況，一般需要再孕中期進行。因爲孕晚期再檢查的話，若胎兒發育異常，需要終止妊娠時，對孕婦子宮及身體的損傷性比較大。並且此時胎兒體型已經比較大了，此時抽取羊水可能會刺傷胎兒，甚至是導致早產。
羊水穿刺並不是每個孕婦都需要做的，因它有一定的風險，一般只有下列情況的孕婦才需要做羊水穿刺。
1、一般超過35歲的孕產婦都要進行羊水穿刺診斷，因爲高齡產婦懷孕風險比較大，懷孕期間是最容易出問題的。
2、唐氏篩查高危的準媽媽。
3、孕婦以前生產過先天性異常嬰兒，特別是染色體異常。
4、夫妻其中有一個染色體不正常或者平衡異位。
5、女性是性連鎖遺傳疾病的攜帶者，在懷孕的中期階段有必要清楚胎寶寶是男是女。
6、孕婦有過特殊生育史或血清異常。女性曾經生產過神經管異常的寶寶，或者是在懷孕階段有過血清中的甲胎蛋白異常情況。
7、有三次以上的自然流產史者。
8、近親結婚或者有患先天疾患的家族史如血友病、白血病的孕婦。
9、懷孕期間接觸過有毒物質、放射線的孕婦，爲了下一代的健康，最好也做一下羊水穿刺。
1、宮內感染。如果手術前準媽媽有被感染的機率或者是在做完羊水穿刺術後沒能及時地做好清潔、衛生的工作，那麼就會有宮內感染的現象出現，而感染很可能引起高熱、子宮收縮和或腹部疼痛等問題。
2、刺傷胎兒。羊水穿刺是利用一根細針穿進準媽媽的羊膜腔內抽取羊水的，在這個過程中很有可能會出現刺傷胎兒的情況。不過不用擔心，一般刺傷也無大礙，會自行癒合。
3、血液傳染。羊水穿刺的另外一個潛在風險是血液傳染，有一定的機率使孕婦和胎兒的血液接觸，當發生接觸時，如果孕婦的的血液爲RH陰性，並且胎兒的血液爲RH陽性時，會出現危險。
4、呼吸窘迫。有少數研究發現，接受過羊水穿刺的胎兒，在出生後較易有呼吸窘迫的問題，發生率爲1.1%，未接受過羊水穿刺的胎兒則爲0.5%。
5、導致破水。羊水穿刺需要用細針穿過腹壁和子宮壁，從而到達羊膜腔，而這個操作很有可能導致破水。
6、出血。羊水穿刺很可能造成準媽媽出血的情況，有的甚至會引發出血性休克，致使術後流產以及危及胎兒等。
7、心血管意外。如果孕婦有合併心腦血管疾病，則會因爲術中的疼痛或緊張等刺激，而致使心腦血管出現不測。
