氨基酸奶粉可以解決嬰兒乳糖不耐受問題，迅速減輕胃腸道症狀。適用在有嚴重過敏的嬰兒。適合一歲以內嬰兒，一歲以上嬰兒也可服用;也可專門針對食物蛋白過敏、多種食物蛋白不耐受症的患兒，作爲飲食治療使用。
氨基酸奶粉是防過敏奶粉的一種，是部分水解蛋白的嬰兒奶粉，通過專門的蛋白水解工藝，把高致敏性的普通牛奶蛋白變成低致敏性的小分子蛋白，從而減少寶寶過敏的風險。通過特殊工藝把牛奶中的蛋白質降解處理後成爲肽鏈，以降低蛋白的過敏原性。致敏程度的高低取決於肽鏈的長短，降解程度越深，致敏性就越低。
高度水解配方奶粉是指將大分子的牛奶蛋白變成短肽及氨基酸結構，無致敏性。蛋白質水解後其蛋白的分子量小於1500，一般都用作治療性飲食來降低牛奶蛋白過敏。這種防過敏奶粉可使用於過敏的治療及預防，避免牛奶蛋白的過敏。但高度水解的配方奶粉有苦味，寶寶大多都不喜歡，而且這種奶粉的價格會比較昂貴。
蛋白質水解後，其蛋白的分子量大於3500，主要適用於牛奶蛋白過敏及其他食物引發過敏的預防性飲食。一般而言，部分水解配方奶粉價格比高度水解配方奶粉便宜一些，而且這種奶粉的口味比較好，寶寶更容易接受這種奶粉，但這種防過敏奶粉的牛奶蛋白仍有殘餘抗原性，所以不適合用於治療牛奶蛋白過敏者。
