紫藥水能與微生物酶系統發生氫離子的競爭性對抗，使酶成爲無活性的氧化狀態，從而發揮殺菌作用，主要對革蘭陽性菌如葡萄球菌、白喉桿菌以及綠膿桿菌、白念珠菌、表皮癬菌有殺滅作用，對其他革蘭陰性菌和抗酸桿菌幾乎沒有作用。
紫藥水對組織沒有刺激，且能與壞死組織凝結成保護膜，起收斂作用，可用於表淺創面潰瘍及皮膚感染，如小面積的燒傷、皰疹、咽喉炎、鵝口瘡等。
1、紫藥水對皮膚粘膜有刺激性可能會引起接觸性皮炎，目前有研究認爲甲紫溶液有致癌作用，所以不能用於大面積皮膚破損，也不宜長期使用。
2、紫藥水它是一種外用溶液，不可以口服。
3、如果傷口已經化膿，就不應再用紫藥水了。因爲紫藥水能使傷口表面結上一層痂，看起來乾燥清潔，但乾燥的硬症下面細菌還在繁殖。在痂皮保護下，細菌可能繼續蔓延，向深部侵入反而使病情加重。
4、面部有潰瘍性損害時應慎用，否則可以導致皮膚着色。
5、紫藥水用量過大或者濃度過高時，有可能會引發過敏，所以使用要控制量。
6、新生兒應慎用紫藥水，因爲新生兒使用過量的紫藥水有可能會導致新生兒煩躁不安、苦惱、夜不能寐等，皮膚上可能出現紅疹、瘙癢等症狀。
