在應用口服避孕藥進行避孕的過程中，無論是長期服用的複方短效，長效避孕片，還是臨時服用的探親避孕藥，如果漏服、不按規定服，都有可能導致避孕失敗而在不知不覺中受孕。
受孕者一定十分關心：口服避孕藥究竟是否影響胎兒發育呢？孕期用藥，主要是通過母嬰物質交換的重要器官——胎盤影響胎兒。已知性激素對胎兒和新生兒皆有不良影響，有毒性，可致畸、致癌。雄激素和合成孕激素（如甲地孕酮、氯地孕酮）特別是由睾丸酮衍化而來的合成孕激素（炔諾酮），都可引起女胎男性化，表現爲外生殖器的異常，像陰蒂肥大、陰脣融合粘連等。雌激素不僅會引起男胎女性化，也會通過刺激腎上腺增加雄激素產量而使女胎男性化。子代先天性心臟病發生率也增加2～3倍。
口服避孕藥是否會對遺傳和後代產生不良影響，一直是相關人士的研究重點。有人認爲口服避孕藥會增加染色體畸變率，尤其是染色體斷裂率會顯著增高。連續服藥或停藥幾個月內受孕者的自然流產率增高，並且這些流產兒的染色體畸變率高。不過也有資料顯示，孕前或孕時曾服用過避孕藥者與未用藥者的畸胎率比較，兩組無明顯差別。關於口服避孕藥對子代的影響，尚有爭論。鑑於目前中國廣泛採用的短效避孕劑量僅爲原始劑量的1／4，一般認爲還是相當安全的。
