在懷孕的前10至12周發生的大多數早期流產與遺傳異常有關。它們經常發生是因爲染色體缺失或過多導致胚胎或胎兒無法正常發育。約50%的偶發性流產都歸因於此。
子宮是孕育胎兒的地方，若它有異常也容易導致流產，比如縱膈子宮、子宮內膜息肉、粘膜下子宮肌瘤、宮腔粘連、宮頸機能不全等子宮解剖異常，可以導致約15%-20%的流產。
常見與複發性流產相關的內分泌異常主要包括黃體功能不足、甲狀腺功能異常、高泌乳素血癥、胰島素抵抗、高雄激素血癥等。對於過度肥胖、消瘦、月經不規則的患者尤其要注意相關內分泌異常的篩查。
妊娠期間，無論是全身性的感染或是生殖泌尿系統局部感染，都可能導致流產。在排除複發性流產的病因時，生殖道衣原體、支原體、分泌物檢查就顯得十分必要。
易栓症
是指一類可增加血栓栓塞性疾病風險的疾病。由於妊娠期間血液系統出現的特殊改變，導致高凝狀態，導致血栓形成的可能性增加，出現在胎盤微小血管內，可能導致胚胎停育、妊娠期高血壓疾病、胎盤早剝、胎兒生長受限等情況。若孕婦有這種情況，從孕早期就應開始進行鍼對性治療。
在自身免疫所造成複發性流產中，抗磷脂抗體(APL-Ab)和甲狀腺自身抗體(ATA)是目前研究認爲與複發性流產相關性最大的發病因素。
目前同種免疫型複發性流產仍處於研究階段，常稱之爲原因不明覆發性流產(URSA)，認爲與封閉抗體(BA)缺乏、免疫細胞異常、人類白細胞抗原(HLA)高度組織相容性相關。
有生活方式因素或環境因素會導致或可能導致複發性流產。吸菸和一些休閒藥物，例如可卡因，增加了患病風險。每週喝3-5杯酒和每天喝3杯以上的咖啡也可能會導致流產增高。
