一、胚胎因素
胚胎或胎兒的染色體異常是早期流產最常見的病因，約佔 50%～60%，而中期妊娠流產中約佔1/3，晚期妊娠胎兒丟失中僅佔5%。染色體異常包括數目異常和結構異常，其中數目異常以三體居多，常見的有13、 16、18、21和22三體，其次爲X單體。結構異常引起流產並不常見，主要有平衡易位、倒置、缺失和重疊及嵌合體等。除外遺傳因素，感染、藥物等因素也可以引起胚胎染色體異常。若發生流產，多爲空孕囊或已退化的胚胎。少數至妊娠足月可能娩出畸形兒，或有代謝及功能缺陷。
二、母體因素
全身性疾病：孕婦患全身性疾病，如嚴重感染、高熱、嚴重貧血或心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝腎疾病及高血壓等，均可能引起流產，其中慢性疾病、生殖道感染、營養不良等可導致流產的發生。而生殖道的特異性感染，如弓形蟲(TOX)、細菌感染、病毒感染、沙眼衣原體感染、支原體等感染，不僅可以作爲單一因素誘發流產，也可與其他因素並存而增加自然流產的發生率。
生殖器官異常：①子宮畸形，尤其是子宮縱隔、單角子宮、雙角子宮、鞍狀子宮等畸形可因宮腔不宜着牀宮頸容積變小，子宮適應能力下降或血液循環不良而影響胚胎髮育及孕卵植入而導致早期流產。②無論是流產清宮術，產後胎盤殘留清宮或刮宮術等手術，對宮頸的損傷極大，可能引起宮頸粘連，或由於頻繁擴張宮頸及造成宮頸撕裂或急產、產鉗、胎頭吸引產時造成宮頸撕裂，使子宮腔變形或子宮內膜異常，影響胎盤形成，胎兒難以生長而導致流產的發生。
內分泌異常：產婦內分泌失調也是導致自然流產的重要因素。如黃體功能不全、雌孕激素分泌減少，沒有爲孕卵着牀提供良好的內膜環境而影響胚胎在子宮內的正常發育，引起早期流產;胎盤分泌的絨毛膜促性腺激素、胎盤泌乳素、孕酮、雌酮等激素偏低或甲狀腺功能低下、糖尿病等疾病都能引起自然流產的發生。
強烈應激與不良習慣：妊娠期無論嚴重的軀體(如手術、直接撞擊腹部、性交過頻)或心理(過度緊張、焦慮、恐懼、憂傷等精神創傷)的不良刺激均可導致流產。孕婦過度吸菸、酗酒，過量飲咖啡及吸毒也會導致流產。
免疫功能異常：妊娠後由於母體和胎兒免疫不適應而導致母體排斥胎兒導致流產。正常妊娠時母體對滋養層細胞抗原就有免疫反應,若母體血清中缺乏阻斷因子或阻斷抗體時，則易發生流產。臨牀上在婦女準備懷孕前應做血型抗體、抗心磷脂抗體、抗卵巢抗體、抗子宮內膜抗體、抗精子抗體等檢查，如有此類免疫因素存在，應待因素消除後在妊娠，並針對病因進行治療。
三、父親因素
男性生殖器官炎症，如睾丸炎、附睾炎等可導致精子質量下降，使精子形態、數量、 活動力、畸形率改變而使胚胎異常導致自然流產。除此之外，男性無症狀的菌精症也可導致自然流產，其臨牀表現爲無症狀的男性生殖器官感染，但實驗室檢查可發現精液中存在一定數量的病菌，如沙眼衣原體、解脲支原體等，這些病菌可隨着精子活動而干擾精卵結合與着牀，也可以破壞血睾屏障，發生免疫反應，產生精子抗體，最終導致流產。
四、環境因素
過多接觸放射線和砷、鉛、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化學物質，以及噪聲、過度勞累和劇烈運動也是引起自然流產的因素。
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