1、染色體異常
染色體異常包括染色體異常，如單體，三體性和多倍體;結構異常如斷裂，缺失和易位可能導致流產。已經對自發性流產和治療性流產進行了染色體研究。在自然流產中發現了核。類型異常佔60%。染色體異常的人每個人都有結構異常，如胎兒或胎盤，正常核型的正常胎兒更爲正常。
2、內分泌失調
過度的雌激素和黃體酮缺乏也是早期流產的原因。由於在妊娠12〜14週期間，胎盤形成期代替了妊娠期黃體功能，易發生內分泌失調，特別是黃體功能不全。此外，缺少甲狀腺素會損害細胞的氧化過程，以及甲亢和糖尿病。
3、胎盤和胎盤內分泌功能不全
妊娠早期蛻膜蛻膜可引起蛻膜組織出血或增生，絨毛上皮細胞和蛻膜細胞溶解，絨毛膜血管受阻，影響營養物質的吸收和輸送，造成受精卵分離依戀、流血和流產。 另外，如果大面積梗塞內的胎盤可以減少胎盤功能，影響胎兒生存;和前置胎盤，胎盤絨毛水腫變性流產也並不少見。
4、血型不匹配
由於以前懷孕或輸血，有害因素在母體中產生抗體。這種妊娠從胎盤進入胎兒並與紅細胞凝集和溶血，導致流產。
5、精神和神經因素
如驚厥、嚴重的精神刺激也會導致流產。近年來的研究表明，噪音和振動對人類生殖有一定的影響。
反覆流產發生兩次或者是兩次以上，就稱爲複發性流產。複發性流產是有病理因素所造成的。導致複發性流產的原因有胚胎染色體的異常、感染性的因素、自身免疫性疾病，所導致的反覆性的複發性流產。因此，如果發生了兩次或者是兩次以上自然流產，生化妊娠或者是胚胎停育。就要進行染色體的檢查，首先建議進行夫妻雙方的染色體檢查。如果發生了胚胎停育，建議對流產的胚胎進行染色體的檢查。另外還要進行弓形蟲鉅細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒、病毒感染的檢測。還建議進行免疫功能的檢測，包括乙酸震的檢查，以排除由於免疫因素所導致的複發性流產。
建議有反覆流產的媽媽在下次準備懷孕之前到不孕症專科或者優生優育專科等科室就診尋找原因。一般情況下醫生會建議把流產出來的絨毛做染色體或基因分析，或者檢查這位媽媽有沒有甲狀腺功能低下和潛在糖尿病的問題，這些都可能增加流產風險。還有較爲複雜的免疫性機制問題。哪怕胎兒染色體無異常，但夫婦雙方染色體有異常，對流產都會有影響。
