溪黃草雖好，但孕婦是不能用的。孕婦使用後可能會導致流產。另溪黃草性寒，還會加重脾胃寒性，所以脾虛胃涼也不能服用。
溪黃草的本身還含有少量的鉍、砷這種有毒素的微量元素，長期服用會導致出現噁心、嘔吐、腹痛還有少尿等一系列中毒症狀。
溪黃草對肝臟有一定好處，可治療很多肝臟疾病，比如急性黃疸型肝炎、急性肝炎、慢性肝炎等，但若是服用溪黃草不當反而會適得其反，加重肝臟的負擔，影響病情。
