保嬰丹去除了硃砂、雄黃等有毒藥材，但當中的法半夏、淡全蟲也有微量毒性，不宜長期過量服食。此外，這種藥從成分組成上看，偏於苦寒，用法不當可能造成腹瀉，寒性體質和受風寒拉肚子的孩子都不建議服用。
大部分保嬰丹成分裏含有用於定驚的硃砂，它含有汞元素，雖然劑量小，單次使用影響有限，但若長期大量服用，會導致毒素在體內積累，從而影響大腦神經的發育。
保嬰丹有什麼副作用：傷腎
保嬰丹中含冰片和少量硃砂，具有安神、定驚等功效，但它們具有一定的毒性。嬰幼兒的藥物代謝功能有限，如果過量或長期使用，可能在血液和腎臟中蓄積，傷害未發育完全的泌尿和神經系統。如果使用保嬰丹3天左右效果不明顯，甚至病情加重，如孩子出現不明原因的啼哭、面色發白等 症狀，應及時停藥，併到醫院就診。
1、初生至一個月內嬰兒：每日一次，每次半樽。
2、一個月至兩歲嬰兒：每日一次，每次一樽。
3、兩歲或以上小孩小童：每日一次，每次兩樽，可連服多日。
4、如作保健用途， 可每星期服用一次，服量如上。如病情持續，請遵醫囑，請按時以溫水調服。
注意事項：嬰孩忌食生冷葷腥，油膩燥熱之物。保嬰丹不適宜患有先天性六磷酸葡萄糖去氫酵素缺乏症之嬰孩服用。
