患兒造血所需原料如蛋白質、鐵、維生素B12均易缺乏，故易患貧血。常見者爲缺鐵性貧血。
各種維生素及微量元素缺乏，尤以維生素A、B及C缺乏較常見。由於生長遲緩，鈣、磷需要較少，因之繼發嚴重的維生素D缺乏較爲少見，但如患者先患佝僂病，後患營養不良則二者可同時存在。近年來發現嚴重營養不良常伴鐵、鋅、銅、硒缺乏，尤以鋅缺乏明顯。曾柏錦等報道，重度營養不良73.2%伴低血鋅。
最常見爲腹瀉、肺炎以及各種感染。易繼發支氣管肺炎、腹瀉、結核病、中耳炎、尿路感染及敗血症等各種感染，特別是嬰幼兒腹瀉可遷延不愈，常伴電解質紊亂，如此形成惡性循環，更加重了營養不良。
遷延不愈的患兒有時可突然發生自發性低血糖，表現爲體溫不升，面色灰白，神志不清，脈搏緩慢乃至呼吸暫停，但無抽搐，若不及時靜脈注射葡萄糖溶液，可因呼吸暫停而死亡。
注意事項
1、患兒的預後取決於營養不良的程度，發病的時間，有無合併症以及治療是否得當。
2、疾病發病癒早，程度愈重且合併感染者預後越差。
3、胎兒期營養不良其後果可延續到嬰兒期乃至終身；不僅影響到體格生長還可影響到日後小兒的認知及行爲。
4、本病預後相對比惡性營養不良爲好，住院病死率約在1%～2%。
5、年長兒稍高，恢復較慢。嬰幼兒時期患營養不良性消瘦，若持續數月以上，可留下遠期不良後果，如身材矮小和大腦生長髮育受影響。
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