在射頻消融術過程中，用穿刺針穿刺靜脈/動脈血管插入電導管時，可能導致血管損傷，導致血栓形成、栓塞等。
血管穿刺方面有動靜脈瘻，假性動脈瘤，鎖骨下動脈損傷，另外，介入操作要穿刺下肢股動、靜脈，故血栓形成和栓塞也是常見併發症。另外，患者長時間臥牀休息，臥牀時間過長下肢靜脈血栓就很容易發生，導致肺栓塞。
建議：家屬照顧時可以幫忙按摩下肢,促進血液循環，患者也需與醫生很好的配合，遵醫囑下牀活動，否則一旦形成血栓就很麻煩了，需要抗凝治療，或者裝濾器，以防止肺栓塞等。
心包壓塞是臨牀常見心血管急症，射頻消融術後該併發症發生率0.2-0.6%，緊急處理措施爲心包穿刺引流及外科手術處理。其次，是操作的時候要跨瓣，可能會損傷主動脈瓣，二尖瓣等，會引起瓣膜損傷，心包填塞，導管刺激引起的其他心律失常。
射頻消融術存在心律失常併發症，發生率約0.3%-0.6%左右的，除最嚴重的室速、室顫等情況外，最主要的併發症就是三度房室傳導阻滯，這是難以完全避免的併發症。多見於房室結雙徑路、間隔旁道等處消融，發生的概率約0%-8%。
射頻消融術插入電導管時，可能因各種原因，比如操作粗暴、拔出不恰當等，就容易導致心肌穿孔。
術後出現心肌穿孔多見於術後一週，稱爲早期心肌穿孔，晚期穿孔(術後超過一個月)發生率大0.17%，術後三個月後很少出現心肌穿孔，且有逐年遞減趨勢。
射頻消融術併發症：心源性猝死
早期消融引發的心源性猝死主要是由於直流電消融房室結所致房室傳導阻滯;後期RFCA引起的心源性猝死則主要是由於消融損傷部位延伸至心室引起多源性、多形性或扭轉型室速，該類患者術前多伴有左心功能不全或同時合併QT高離散度等因素。
射頻消融術過程中的放電消融時容易引發方式傳導阻滯的併發症。
房室結改良術後的第6～30天常出現房室傳導阻滯，即消融後延遲現象，其原因是消融部位凝固性壞死隨着時間延長而擴大，引起正常傳導組織損傷，然而這種延遲現象在旁道消融時則起到一種正面作用，即旁道消融術中失敗或術後復發的患者，常常因爲旁道的延遲現象使消融成功。因此，對旁道術後復發而要求第2次手術者，應在3個月後再實施。
有報道稱，射頻消融術後，一組房室結雙徑路改良術後出現持續性竇性心動過速，而這種心動過速與是否活動無關，故稱爲不良性竇性心動過速，其特點是心率變異明顯降低。發生的原因可能是竇房結的副交感神經(迷走神經)在消融時受到損傷，失去了對竇房結的抑制作用，從而引起不良性竇性心動過速。
射頻消融術過程中的血管穿刺時，容易刺傷血管，造成局部出血，甚至是感染的情況，還有些患者會出現血腫、氣胸的併發症。
射頻消融術的成功率
射頻消融術雖然可能會引發一些併發症，但患者也不用擔心，它的成功率還是很高的。
一般來說，房室結折返性心動過速、預激綜合徵等心律失常一次射頻消融成功率可以達到98%以上，而房速、房撲、室早、特發性室速等複雜心律失常成功率可以達到90%以上，目前房顫的消融成功率陣發性房顫達到80～90%，持續性和慢性房顫也可達到60～80%，再次消融成功率將進一步提高。
